Iniciando a sessão, um Administrador do indexa terá os privilégios do perfil de Visitante acrescido das funcionalidades de gestão de administrador e consulta de projectos. Este é o tipo de perfil que permite gerir todo o Indexa (disciplinas, ciclos, cursos, utilizadores, entre outros) e poderá funcionar cumulativamente com o perfil de Aluno ou Docente assumindo desta forma também os privilégios deste tipo de perfil. O menu lateral para o Administrador permite gerir projectos (lista de projectos/categorias e subcategorias), gerir ciclos (gerir disciplinas/gerir cursos/gerir departamentos), gerir utilizadores (lista de utilizadores/criar utilizadores), gerir destaques (inserir destaque/lista de destaques), gerir faqs (inserir faq/lista de faqs) e a pesquisa avançada. . Tal como nos perfis de aluno e docente também aqui aparecerá no menu de topo a àrea destinada ao arquivo onde é possível ver todos os projectos do Indexa. As secções de consulta de portefólios inseridos por utilizadores registados no Indexa, a ajuda, a pesquisa simples, o mapa do site (adequado ao seu perfil) e os contactos de alunos e docentes do Indexa mantêm-se.